ATS系统主要就是让水流均匀流过藻屏，然后用光照着藻屏并让藻屏长出藻来，藻在成长过程中吸收水中的金属和硝酸盐NO₃，并产生孢子等浮游生物，浮游生物又被LPS和虫子吃掉，虫子长大又被鱼吃掉，然后藻屏大概是10天清洗一次，洗的时候不要洗太干净，保留一点藻种。最好有两块藻屏，可以错开使用，清洗时间要错开。
藻屏就是附着物，可以此采用粗糙的板子例如将亚克力板布满划痕，或者是纱窗之类的，总之，就是粗糙，让藻类附着在上面就可以了。
一旦ATS系统里长出藻类，主缸内一般再也见不到藻类了。一个维护良好的ATS系统可以最大程度的抢夺磷酸盐。
如果把蛋白质分离器比作物理系统——把纤维素、蛋白素和食物残渣等隔离出来，因为那些残渣会导致NO₃升高，但是同时也会把很多微生物以及生物的食物也给隔离开了。
而ATS就是生态系统——通过消化的方式来去分解纤维素、蛋白素和食物残渣，而且吸收水中的金属要比蛋分强，同时藻类还能产生大量的浮游生物和孢子，可以作为虫子和软体还有鱼等生物的食物来源。
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